De gener a maig de 2021, la comarca de l'Alt Empordà ha registrat unes taxes de casos i defuncions per la Covid-19 superiors a les de Catalunya. Pel que fa als ingressos hospitalaris provocats pel coronavirus, la taxa no només és més alta que la catalana, sinó que també supera la del conjunt de la demarcació de Girona, d'acord amb les dades analitzades per INDIKA, Pol de Salut i Social de l'Alt Empordà, de la Fundació Salut Empordà.
De la mateixa manera que passa entre comunitats autònomes i països, al llarg del 2021 s'han produït diferències entre les taxes de casos, ingressos i defuncions de les diverses comarques de Catalunya.
Si s'analitzen les dades entre gener i maig de 2021, és a dir, entre l'inici de la campanya de vacunació contra el coronavirus i el moment en què s'assoleix un gran volum de població amb la pauta completa, s'observa el següent:
A l'hora d'analitzar les dades, cal tenir compte que, a 15 de juny, la cobertura vacunal a l'Alt Empordà era de les més baixes de Catalunya per diversos motius, com són el gran volum de segones residències, l'alt índex d'immigració, etc. Així, un 39,2 % de la població altempordanesa tenia una dosi i un 22,5 %, la pauta completa; mentre que a Catalunya les xifres eren de 53,9 % i 33,1 %, respectivament. A més, s'ha de valorar que, a inici d'any, hi va haver un brot just després de les vacances de Nadal i abans que la cobertura vacunal fos considerable a tot Catalunya.