La Fundació Salut Empordà aposta per una estructura de treball participativa amb la creació de comissions i equips de treball interdisciplinaris, que comparteixen objectius comuns i plantegen estratègies de millora contínua de la qualitat assistencial.
Les comissions de qualitat estan formades per grups interdisciplinaris amb professionals experts, principalment assistencials. Assessoren la direcció assistencial en l'estudi i la millora d'àrees o aspectes clau de l'atenció sanitària i de la qualitat assistencial.
Les comissions de qualitat de la FSE són:
És un òrgan representatiu, participatiu, consultiu i assessor de la Direcció Assistencial en tot allò que refereix a l'àmbit assistencial. Esdevé un punt de trobada per als professionals directament implicats en l'assistència, en què poden fer aportacions i posar en comú tota aquella informació que els afecta.